近年来益生菌已广泛用于多种消化疾病，如各种原因的急、慢性腹泻、便秘、抗生素的不良反应、菌群失调等，还逐渐进入其他系统疾病的治疗，包括肥胖、高脂血症、糖尿病与高血糖、高血压与脂肪肝等，确实给患者带来不同程度的希望。要提醒大家的是，益生菌作为一种特殊性的药物，也有其不安全的一面。

感染 由于益生菌等肠道上皮细胞有比较好的黏附能力，可能导致细菌易位。芬兰10年中，全国经血培养确诊的菌血症中，有66例是益生菌引起的，其中48例为乳酸杆菌引起的。还有个别报告，益生菌保健品可引起肠道炎症。加重炎症性肠病（IBD）急性期的炎症反应。

超敏反应 由于益生菌对免疫机制的调节有两面性，长期使用益生菌会引起肠道免疫系统的改变，尤其是对新生儿、个别免疫机能低下或有缺陷者（如艾滋病患者）更为不利。也有报告称，益生菌会影响女性的正常妊娠。目前认为以上这些人群，益生菌的应用要特别慎重。

耐药菌株 由于肠道菌群间，肠道菌群与致病菌之间存在耐药基因的转移，如果益生菌携带耐药基因，向肠道内病原菌转移，会使感染成为严峻问题，给治疗带来许多困难。